所得税法上、日本国内に住所がない人や1年以上の居所がない個人は、「非居住者」とされます。したがって、海外赴任の期間が1年以上の海外勤務者の場合、「非居住者」となります。
非居住者に該当する場合であっても、日本国内で働いたことによって支払われた給与については源泉徴収されることになります。つまり、日本に住む給与所得者と同様となります。
一方、国外で働いたことにより日本にある本社などから支払われた給与については、原則として日本の所得税は非課税となるため、源泉徴収もされないことになります。
したがって、日本から支払われた給与であっても、働いた場所（国）が日本なのか海外なのかで違いが生じることになります。
ただし、同じように海外支店に勤務する人でも日本の法人の役員への報酬については取扱いが異なるので注意が必要です。例えば、日本本社の取締役が海外勤務中に受け取った役員報酬についてです。
役員の場合、企業の経営に従事することを職務としているため、役務提供が現実にどこで行われたかを判定するのが通常は困難であると考えられます。
所得税法では、このような役員に対する報酬については原則として国内で働いたものとして、会社側は役員報酬支払時に20.42％（所得税20％、復興特別所得税0.42％）の源泉徴収をすることになっています。
原則は日本から支払われた役員報酬は源泉徴収の対象となりますが、日本から支払われた給与でも源泉徴収されないケースもあります。
- 海外の勤務先で常時使用人として働いている場合
- 赴任先の国と租税条約が結ばれていて、異なる取扱いがあるときはその取扱いが優先される
もう一つ注意点としては、海外勤務の日本の法人の役員に対して日本から支払われた報酬が日本の源泉徴収の対象になるからといって、その赴任先の国では源泉徴収されないというわけではありませんので、この点については確認するようにしてください。
次に、海外勤務者について源泉徴収票は発行するのか？ということについて考えてみたいと思います。
源泉徴収票は「居住者」について発行することになっています。つまり、「非居住者」について発行する必要はありません。では、「非居住者」については何も発行しなくていいのか？というとそうではなく、「支払調書」を作成することになります。(年の途中から非居住者となった場合は、居住者であった期間分については源泉徴収票の作成が必要です）
この非居住者に対して作成した支払調書のうち、国内で働いたものとして源泉徴収した給与等の年間の支払金額が50万円を超える場合（源泉徴収する前の金額で判定）については、支払いをした年の翌年1月31日までに「非居住者等に支払われる給与、報酬、年金及び賞金の支払調書合計表」に支払調書を添付して税務署へ提出しなければなりません。
2015年10月5日現在の住民票の情報に基づいて、2016年1月からマイナンバー制度の運用が始まり、非居住者の支払調書についても、マイナンバーを交付されている方については記載が必要となっています。
このマイナンバーは生涯有効なので、マイナンバー取得後に海外赴任となった場合についても提供されたマイナンバーを使用することになります。
2015年10月5日前から日本に住民票がなかった海外勤務者についてはマイナンバーの交付はされていないので、帰国後に市役所等でマイナンバーの交付を受けることになります。
